清軍在 1644 年入關後，一路南驅，明帝國的後裔先後成立政權抵抗清軍。唐王就在鄭芝龍的扶植下成立， 1646 年清軍進逼福建時，鄭芝龍立刻接受清軍的條件，投降清帝國。鄭芝龍之子鄭成功拒絕投降，接收其父勢力，並招募軍隊，掠奪中國沿海，並與在臺灣的荷蘭人進行貿易。 1659 年鄭成功軍隊深入長江，慘遭清軍擊退。為了日後更長遠的發展，鄭成功決定攻取臺灣。 1662 年 2 月鄭成功在優勢的兵力下，歷經九個月的苦戰，荷蘭人終於投降，退出臺灣，結束在臺灣三十八年的統治。
鄭成功到了臺灣，立刻實施屯田制度以增加糧食生產，並且招納大量漢人來臺墾植。當時的土地可分為三種類型：接續荷蘭時代王田，為鄭氏政府所有的稱官田；官員、有力人士招佃開墾的稱為私田；營兵屯田的稱營盤田。今天嘉南高屏許多地名有營、鎮、協……等，多半是當年屯田的遺跡。
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紅線是 1661 年 4 月 30 日鄭軍過鹿耳門水道，在普羅岷西亞村附近登陸台灣，同時立即佔領台江內海，切斷普羅明遮城和熱蘭遮城海上往來的路線。藍線是 5 月起，鄭軍從北線尾、大員市鎮、狹長陸地上鳳梨園三方面圍困熱蘭遮城。
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鄭成功在臺灣施行郡縣制度，將臺灣稱為東都，設臺灣為一府二縣，赤崁地區設順天府，以北設天興縣，以南設萬年縣。但鄭成功 1662 年 6 月隨即去世，加上清軍聯合荷蘭人攻擊金門、廈門，鄭成功之子鄭經在一番血腥內鬥後，退守臺灣。鄭經將臺灣改稱為東寧，並在臺建立更完整的行政體系。
臺灣的事務主要由陳永華推動。陳永華在臺興設文教，設立孔廟，並在各地設立學校，以學校教育及科舉考試來選拔政府文官。
1664 年清帝國接受黃梧的計策，實施遷界令，將中國東南沿海的居民往內陸遷移 30 里，意圖斷絕對鄭氏政權的接應。不過在鄭將江勝的努力下，以廈門作為雙方走私貿易的據點。英國東印度公司也來臺設立商館，而鄭氏王國與日本的商貿關係更是密切，到呂宋、巴達維亞、麻六甲、柬埔寨……等南洋地區，也是鄭氏王國的商業範圍。於是鄭氏王國建立了以臺灣為中心的東亞貿易網絡。
1674 年清帝國爆發三蕃之亂，鄭經接受耿精忠的邀請，親率大軍參與抗清，起初佔領了福建、廣東數府，但最後終究失敗。鄭經於 1680 年退回臺灣，在陳永華、楊英等重臣相繼去世後，不久也抑鬱而終。將王位遺命其子鄭克土臧繼承，但馮錫範展開一場宮廷內鬥，立鄭克塽為王。
此時的臺灣，除了政局混亂，清帝國再度厲行海禁封鎖臺灣，加上戰事延年，用支浩繁，苛稅抑多，百姓生活困頓，臺灣面臨極大的經濟問題。加以清帝國不斷地在臺離間，人心更加浮動。
而清帝國在解決內政上最大的三蕃問題後，見臺灣局勢混亂，本來對臺灣較為軟化的態度轉而強烈，決定以武力來消滅明朝最後的勢力。命鄭氏降將施琅為福建水師提督，準備攻臺。而鄭氏王國也派劉國軒集結大兵駐守澎湖。 1683 年 7 月施琅與劉國軒在澎湖激戰數日，劉國軒大敗逃回臺灣。
臺灣因澎湖大敗而人心惶惶，有人主張力戰到底，有人主張南取呂宋，也有主降的聲音。最後以劉國軒的主降派佔優勢，於 9 月向施琅投降，結束了鄭氏王國在臺二十三年的統治。
延伸閱讀：
1.曹永和，《臺灣早期歷史研究》，臺北：聯經，1979 。
2.曹永和，〈環中國海域交流史上的臺灣和日本〉，收於氏著，《臺灣早期歷史研究續集》，臺北：聯經，2000。
3.陳芳明，〈鄭成功與施琅─臺灣歷史人物評價的反思〉，收於張炎憲、李筱峰、戴寶村編《臺灣史論文精選》（上），臺北：玉山社， 1996
4.陳國棟，〈哭廟與焚儒服─明末清初生員層的社會性動作〉，《新史學》 3 ： 1 （ 1992年 3 月）。
5.楊雲萍，《南明研究與臺灣文化》，臺北：臺灣風物， 1993 。