朝鮮、琉球、越南三國是清國最重要的藩屬，琉球、越南先後被日、法所奪。日本在明治維新後，國內有股很大的征韓聲浪，於是三番兩次謀求朝鮮。 1895 年朝鮮爆發東學黨之變，日本趁機出兵，並且偷襲清國運兵船，與清國展開戰爭。清軍在陸戰、海戰皆告潰敗，派出李鴻章赴日議和，簽訂了《馬關條約》，把臺灣永遠割讓給日本。
臺灣官民得知此訊，用盡辦法想挽回，但國際不想介入，於是仿效西方的自主觀念成立了臺灣民主國對抗日本。以臺灣巡撫唐景崧為總統，丘逢甲為義軍統領，林維源任議長，國號永清，國旗為藍地黃虎旗。雖表面上是臺灣民主國，但本質上只是在抵抗日本的一種手段，一點也不臺灣，一點也不民主。隨著日軍近衛師團在 1895 年 5 月 29 日於鹽寮登陸，步步進逼，臺灣民主國隨即瓦解，唐景崧、丘逢甲、林維源等紛紛逃往中國。
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莫那魯道畫像
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日軍在抵抗不大的情況下，進入臺北城，進行了始政典禮，成立臺灣總督府。但在之後欲進一步掌握全臺時就遭遇強烈的抵抗。桃竹苗的抗日力量主要是當地客家居民組成的義軍，中部的抗日力量主要為臺灣知府的新楚軍，南部的抗日力量主要為劉永福的黑旗軍。臺灣人強烈的抵抗以及傳染病之害，讓日軍遭遇慘重的損失，還讓日本增派一支旅團、一支師團分別登臺支援，最後終於在 11 月 18 日掌控臺灣全局。
雖然臺灣總督府掌握全臺，但之後仍有不少游擊式的抗日活動，領導者多為地方豪強。一開始總督府採報復式的征討，更激起臺灣人反抗。總督府之後採鎮撫兼施的手段，同時進行掃蕩與招降，在 1902 年瓦解了全臺的游擊抗日勢力。
在日本統治臺灣十餘年後，因臺灣人遭受不平等的待遇，加上中國辛亥革命的影響，臺灣爆發一連串具民族革命性質的武裝抗日。包括了北埔事件（ 1907 年）、林杞埔、土庫事件（ 1912 年）、東勢角事件（ 1913 年）、六甲事件（ 1914 年）、 ?吧哖事件（ 1915 年）……等二十餘起抗日事件，但多數尚在密謀階段就被破獲了。最慘烈的 ?吧哖事件歷時十個月，被殺害的超過千人，被判處死刑執行的有百餘人。之後臺灣的社會走向體制內改革的社會運動路線。
對於原住民的治理，總督府也採恩威並施，臺灣的原住民先後發起了一百五十餘起的武力反抗。 1930 年的霧社事件是其中最慘烈的一起，霧社的六個部落在莫那魯道領導下，於 10 月 27 日突襲在霧社公學校參加運動會的日本人，總督府派了二千餘人的部隊前往鎮壓，並使用毒氣，造成六個部落損失近千人，倖存者也被總督府強制遷移。隔年殘存的五百餘原住民又在日方策動的第二次霧社事件下，被殺害二百餘人，將僅存的二百餘人再度強制遷移到川中島。霧社事件讓總督府再次檢討長期以來的原住民政策。
延伸閱讀：
1.吳密察，《臺灣近代史研究》，臺北：稻鄉出版社， 1991 。
2.翁佳音，《臺灣漢人武裝抗日史研究（ 1895-1902 ）》，臺北：臺灣大學文學院， 1986 。
3.張嘉鳳，〈?吧哖慘史〉，《臺灣文獻》 24 ： 3 （ 1973 年）。
4.許佩賢，《攻臺見聞》，臺北：遠流出版公司， 1995 。
5.黃昭堂著，廖為智譯，《臺灣民主國之研究》，臺北：現代學術基金會， 1993 。
6.藤井志津枝，《理蕃：日本治理臺灣的計策》，臺北：文英堂， 2001 。