日本領有臺灣的過程付出出乎預期的代價，之後幾年又忙著對抗各地的反對勢力，軍事支出十分龐大，日本國庫的大量補助、總督府在臺的稅收不足，這使日本輿論出現了讓渡臺灣的主張，因此臺灣的財政問題是總督府的當務之急。
總督府在臺灣實施專賣，先是實施鴉片、樟腦專賣，接著鹽、菸草、酒也進行專賣，專賣收入在日治初期對總督府財政是相當大的助益。同時為了提高臺灣田賦的收入，總督府在 1898 年發佈〈臺灣地籍規則〉、〈臺灣土地調查規則〉，開始對臺灣所有的土地進行調查， 1904 年才告結束。調查結果，清出大量的隱田，由三十六萬甲增加到六十二萬甲，並且以公債作為補償收回大租權，確立小租戶為地主，讓清代紊亂的土地所有權歸於明確。臺灣的財政也因田賦的增加而獨立，不需再靠日本的國庫補助金。
1899 年總督府成立臺灣銀行，成為臺灣的貨幣發行單位，統一臺灣的貨幣使用，也提供了資本主義投資的資金來源。總督府也在 1900 年發佈〈臺灣度量衡條例〉，統一的各地紊亂的度量衡。
臺灣島內交通向來不便，日本領臺後也積極從事交通建設。 1899 年開始興建縱貫鐵路，南北同時興工， 1908 年在臺中接通，全線通車，這是第一個貫通臺灣的交通建設。各支線鐵路、東部鐵路也陸續完成，是臺灣交通最主要運輸動脈。郵政、電信也完整在臺開辦，使臺灣的通信便利許多。
基隆港、高雄港也在總督府的興建下，成為現代化的港口，貨物吞吐量大增，也是臺灣進出的門戶，高雄也因此開啟日後的繁榮。
臺灣當時的產業是以農業為主，最初總督府以「農業臺灣，工業日本」為臺灣的經濟政策，提高臺灣農業的產值是總督府的目標。為了改良臺灣農業的生產力，總督府在臺灣各地成立農業試驗場、園藝試驗場、茶樹栽培試驗場、糖業試驗場……等各種研究機構，用以研發新品種、推廣新技術，促進臺灣農業綠色革命的產生。
農業組織也陸續成立，首先在 1900 年三角湧（臺北三峽）農會成立，初是民間自發性組織，其他地方也接著成立農會。 1908 年總督府發佈〈臺灣農會規則〉，將農會改制為強制性組織，農會與農業試驗場配合，推廣農業技術，並且有配銷肥料、提供貸款等功能，是臺灣農業進步的推手。
臺灣為海島型季風氣候，雨量分配不均，許多田地必須看天吃飯，謂為看天田，灌溉的提供對於增加臺灣農業生產非常重要。 1901 年總督府發佈〈臺灣公共埤圳規則〉， 1980 年發佈〈臺灣官設埤圳規則〉，一方面對舊有的埤圳進行改良，一方面興建新的水利工程，其中規模最大的首推 1932 年完成的嘉南大圳，灌溉了十五萬甲的田園。因為灌溉面積不斷地增加，臺灣稻作量也大量激增。
臺灣的農業在總督府的政策下，走向以稻米、甘蔗為中心，進行商業化生產。 1901 年新渡戶稻造發表〈臺灣糖業改良意見書〉，從蔗作、加工、市場三方面建議臺灣的糖業生產，從改善甘蔗品種、建設水利設施、獎勵種蔗，並且主張設置大規模糖廠。其意見多為總督府所接受，並鼓勵資本家來臺設立糖廠，使糖業成為日治時代最大的產業。水稻方面，磯永吉在 1922 年成功培育出蓬萊米後，總督府強制推廣，臺灣的稻米產量也激增，成為另一種重要商品作物，與糖形成競爭關係。其他的作物如香蕉、鳳梨、茶也在日治時期推廣、商業化生產，成為重要的產品。
總督府為了母國利益，積極建設臺灣，許多與臺灣往後數十年息息相關的建設，其基礎多完成於此期。
延伸閱讀：
1.江丙坤，《臺灣田賦改革事業之研究 》 ，臺北：臺灣銀行經濟研究室，1972。
2.吳密察，《臺灣近代史研究》，臺北：稻鄉出版社，1991。
3.矢內原忠雄著，林明德譯，《日本帝國主義下之臺灣》，臺北：吳三連臺灣史料基金會，2004。
4.柯志明，《米糖相剋：日本殖民主義下臺灣的發展與從屬》，臺北：群學出版社，2003。
5.涂照彥，《日本帝國主義下的臺灣》，臺北：人間，1991。