二代健保的補充保費上路不久已經有一堆爭議，衛生署日前政策大轉彎，放寬研究生兼職的補充保費下限可以比照大專生，民間團體今天批評衛生署朝令夕改，既然如此他們要求政府基於公平原則，也要將失業者與被保險人眷屬及身障者納入經濟困難族群，免收補充保費。
二代健保上路才短短兩星期，日前有研究生痛批補充保費讓窮學生被剝兩層皮，原本堅持既定政策的衛生署突然在上週五宣布，研究生也比照大學生，所得超過基本工資才要扣保費，政策大轉彎被民間團體批評朝令夕改、任意解釋法令，認為這不僅突顯了補充保費荒謬性，也引發更多公平性的爭議。
民間監督健保聯盟發言人滕西華表示，並不是反對研究生的主張，而是政府不能自己玩法弄權，自己就說法律可以大規模的為某一些人量身解釋，他如果要例外一定要透過修法。
另外民間團體也發現，依照身心障礙者權益保障法與老人福利法的規定，政府應該補助身障者與中低收老人的社會保險費，但沒想到內政部居然在去年12月頒佈解釋令指出，補充保費不是社會保險費，導致身障者與中低收老人的補充保費沒有補助。稅改聯盟召集人王榮璋指出，他的法源事實上是老人福利法跟身心障礙者權益保障法，這兩個法並沒有除外的規定，只要是健保的保費的話都應該要補助。
同樣的不公平也發生在失業勞工及沒有所得的家庭主婦身上，一旦這些弱勢族群現在為了生活而到處打零工，但零工每筆所得超過5千，就要繳交2％補充保費，民間團體認為，衛生署既然能夠任意解釋法律，朝令夕改，那麼也應該從善如流，將失業者與被保險人眷屬，及身障者納入經濟困難族群，免收補充保費。