大埔強拆案持續延燒，台南市政府為澄清台南鐵路地下化案非「南方大埔」，8月21日召開記者會澄清，市長賴清德強調，南鐵案與大埔案不同，徵收的土地用途為重大交通建設，「完全」符合公益及必要性。針對「反台南鐵路地下化東移自救會」控訴南鐵案徵收407戶，是為了活化土地、做商業開發之用，賴清德也澄清絕無此事。
自救會事後回應，支持鐵路地下化，但反對工程路線非必要性「東移」，因為南鐵案自1995年擬定完整計畫，1996年通過環評，2007年談妥配合款準備實施，都是在現有軌道下方施工，但馬政府上任後卻大轉彎，2009年核定路線為「東移」，需擴大徵收鐵路東側民地版本，質疑東移原因是因為經建會將南鐵案列入「以土地開發利益回饋軌道運輸建設」的示範例。
對此，賴清德於記者會強調，南鐵案並無加入經建會「跨域加值」計畫，中央起初財源困難，確實期待地方多分擔，「是當時我在行政院堅決反對的！」而未來完工後，無論現有軌道騰空的國有地或徵收民地，都將闢為40公尺寬的綠園道，絕無圖利財團。
去年8月，南鐵沿線居民收到市府通知後，才得知要被拆遷，痛批市府黑箱作業，2009年之前2場公聽會根本沒邀請拆遷戶，罔顧程序正義卻要他們全盤接受。依循地下化案的催生脈絡，自救會堅信工程在原軌下方即可施做，為此委託工程師王偉民，以2007年版的南鐵案工程規範為藍本，參酌專家意見，提出以「徵用」取代「徵收」土地的替代案，盼市府參考。
不過，賴清德認為，以徵用方式出借民地供政府施作臨時軌，完工後還地的作法不可行，因房子同樣要拆，且未來闢為道路後依法也無法蓋房子，今年3月他決定採用2009年核定版；然而自救會頗不以為然，認為當時已努力溝通說明替代方案，市府卻一再配合鐵工局扭曲內容說謊，全盤否定，斷絕溝通至今。
考量徵地拆屋已成必然，市府預計在南台南站附近推動住宅照顧方案供拆遷戶選購，自救會方面尚不領情，只盼市府暫緩行政程序，召開聽證會、重啟溝通，南神部分師生持續關心此案。