1683 年 9 月鄭克塽投降後，清帝國消滅了最後一個與前朝有關的政權。而關於要不要把臺灣收入清帝國版圖，尚未有定見。 1984 年 2 月， 施琅上了（恭陳臺灣棄留疏），向康熙皇帝說明臺灣地理位置的重要，最後康熙支持施琅的看法，決定將臺灣收入版圖。這是中國政權史上第一次領有臺灣。
清帝國在臺灣的文官設了分巡臺灣兵備道，兼理學政，是臺灣設省之前在臺的最高文官，正四品。 1727 年改為分巡臺灣道， 1788 年加了按察使銜，成為正三品文官。
臺灣道之下設了一府三縣，分別是臺灣府，就是今天的臺南市中心；臺灣縣，臺灣府的附郭，就是今天臺南市附近，北以鹽水溪與諸羅縣為界，南以二行層溪與鳳山縣為界；鳳山縣，二行層溪以南，縣治在興隆里 （高雄左營）；諸羅縣，鹽水溪以北，縣治在諸羅山（嘉義市）。
在朱一貴之役事後的 1723 年，在諸羅縣的虎尾溪以北設了彰化縣及淡水廳，淡水廳本在彰化縣城辦公，不過為了管理方便，在 1731 年把大甲溪以北劃為淡水廳的行政區，廳治設在竹塹（新竹市）。 1727 年把原本隸屬於臺灣縣的澎湖群島改設澎湖廳。 1787 年因諸羅城在林爽文之役力守不陷，乾隆將諸羅改名嘉義，隔年鳳山縣治也興隆里受創過重，而移至埤頭（高雄鳳山）。 1812 年在宜蘭平原增設噶瑪蘭廳，廳治設在五圍（宜蘭市）。這是清帝國領臺早期的行政區更迭情形。
清帝國對於臺灣的管制非常嚴格。臺灣初納入版圖時，清帝國就頒布（編查流寓六部處分則例），將在臺沒有妻兒、產業的人遣送回中國原籍。之後在施琅的建議下又有渡臺禁令，規定欲到臺者須先向地方官申請，並且不准攜帶家眷，還禁止廣東省的民眾來臺。禁止廣東省民眾來臺的規定在施琅去世即解除，其他的規定直到 1875 年才完全廢除。
延伸閱讀：
1.許雪姬，《北京的辮子》，臺北：自立晚報， 1993。
2.施添福，《清代臺灣在臺漢人的祖籍分佈和原鄉生活方式》，臺北：國立臺灣師範大學地理學系， 1987。
3.陳其南，《臺灣的傳統中國社會》，臺北：允晨文化， 1991。