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高雄愛河邊的玫瑰聖母堂
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隨著臺灣開港，西洋傳教士也可以進入臺灣合法傳教。最先到臺灣傳教的是天主教， 1859 年，郭德剛神父（ Fernando Sainz ）與洪保律神父（ Angel Bofurull ）神父開始在打狗傳教，並且建立教會，就是今天的玫瑰聖母堂。之後又有雍真崇（ Andres Chin-Chon ）、黎茂格（ Miguel Limarquez ）兩位神父來臺傳教。之後，郭德剛神父開始向屏東的原住民傳教，並且往臺灣中部、北部傳教，在羅厝（彰化埔心鄉）建立中部傳教中心。
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馬雅各成立的臺南太平境教會
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基督教來到亞洲傳教的教派極多，早期來臺灣傳教的是長老教會，在臺灣南部傳教的是英國長老教會，在臺灣北部傳教的是加拿大長老教會，兩者以大甲溪作為分界。 1865 年 5 月 28 日，馬雅各（ James L. Maxwell ）醫生登陸安平，在臺灣府城的看西街開設禮拜堂並且免費行醫，但遭受攻擊，逃往旗後（高雄旗津旗後教會），鑒於人手不足，馬雅各向英國總會申請牧師來臺協助，受派來臺的馬遜（ Rev. David Mansson ）牧師卻在 1866 年 11. 月遭遇海難身亡。 1867 年 4 月馬雅各在埤頭（鳳山）開設禮拜堂，但也遭受慘烈攻擊。當年年底臺灣第一位牧師李庥（ Rev. Hugh Ritchie ）牧師來臺傳教，深入平埔族聚落、客家莊傳教，開設了許多教會。 1869 年馬雅各重返府城，在二老口街許厝開設醫院，從事醫療傳教，反應良好，奠定了教會在臺基礎。甘為霖（ Rev. William Campbell ）牧師、巴克禮（ Rev. Thomas Barclay ）牧師也相繼在 1871 、 1875 年來臺，英國的總會不斷地派遣牧師、醫師來臺傳教。加拿大長老教會派遣了偕叡理（ Rev. George Leslie Mackay ，俗稱馬偕）牧師、華雅各（ Rev. J. B. Fraser ）醫生……等來臺傳教。馬偕在北臺灣開設了數十間教會。
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馬偕拔牙圖
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基督教的傳入，帶給臺灣人一個新視界，除了傳播福音外，傳教士還帶來現代化的醫療、教育、觀念。就醫療而言，傳教士接連開設了臺南醫館（臺南新樓醫院前身）、彰化醫館（臺南基督教醫院前身）、淡水偕醫館……等，為臺灣帶來新的醫療技術與疾病觀念。在教育方面， 1876 年在臺南成立大學（臺南神學院前身）培養神學人才， 1885 年成立中學（臺南長榮中學前身）， 1887 年成立女學校（臺南長榮女中前身）並且要求入學學生不得纏足， 1890 年成立訓瞽堂培育盲人並且引進點字系統。北部則在 1882 年成立牛津學堂（臺灣神學院前身），之後也相繼成立淡水中學、淡水女學。
當時臺灣社會的文盲比例極高，為了讓大家都可以讀聖經，巴克禮引進白話字教導臺灣人閱讀聖經。 1885 年 5 月成立聚珍堂，發行《府城教會報》（臺灣教會公報前身），這是全臺灣第一份報紙，除了信仰外，《府城教會報》還介紹了許多世界新知給臺灣人。
早期傳教士因誤會、民眾對西洋的反感，而在傳教過程面臨不少的阻撓，甚至遭受暴力攻擊，稱為教案。最嚴重的一起是發生於 1875 年的白水溪教案，甘為霖在白水溪（臺南白河）教會過夜，遭遇縱火而倉皇逃出。隨著大家相互的了解、官方的保護下，教案衝突愈來愈少，更多的臺灣人也慢慢接受信仰，成為我們教會的長輩。
延伸閱讀：
1.吳學明，《從依賴到自立 - 終戰前臺灣南部基督長老教會研究》，臺南：人光出版社，2003。
2.臺灣教會公報週刊編輯，《臺灣古早教會巡禮》，臺南：人光出版社，1997。
3.臺灣基督長老教會總會歷史委員會編，《臺灣基督長老教會百年史》，臺南：臺灣基督長老教會，1965。
4.蔡蔚群，《教案──清季臺灣的傳教與外交》，臺北：博揚文化，2000。
5.鄭仰恩，《宣教心，臺灣情 - 馬偕小傳》，臺南：人光出版社，2001。
6.賴永祥，《教會史話》第一輯，臺南：人光出版社，1990。
7.賴永祥，《教會史話》第二輯，臺南：人光出版社，1992。
8.賴永祥，《教會史話》第三輯，臺南：人光出版社，1995。
9.賴永祥，《教會史話》第四輯，臺南：人光出版社，1998。
10.賴永祥，《教會史話》第五輯，臺南：人光出版社，2000。